Die Therapie des Morbus Crohn und der Colitis ulcerosa hat vorrangig das Ziel, die Beschwerden der Patient*innen zu beseitigen oder zumindest zu lindern, also eine komplette bzw. partielle klinische Ruhephase, die Remission zu erreichen.  Darüber hinaus sollen akute Krankheitsschübe, eine anhaltende Krankheitsaktivität sowie negative soziale und psychische Folgen für die Patient*innen verhindert werden.

Ein wichtiges Ziel bei der Behandlung der CED ist es, Komplikationen zu vermeiden. Beim Morbus Crohn stehen dabei vor allem Stenosen, Fisteln und eine Mangelernährung im Vordergrund, bei der Colitis ulcerosa schwere Blutungen, ein toxisches Megacolon, eine Perforation und die Entwicklung eines kolorektalen Karzinoms.  Neben dem Erreichen der klinischen Remission sollte auch abgeschätzt werden, in welchem Ausmaß entzündliche Organveränderungen durch die Behandlung behandelt wurden. Je nach untersuchtem Parameter wird von einer endoskopischen Remission gesprochen, wenn es keine sichtbaren Schleimhautveränderungen bei der Endoskopie mehr gibt,  von einer histologischen Remission, wenn auch bei der mikroskopischen Untersuchung der Biopsien entzündliche Veränderungen im Gewebeschnitt fehlen, und von einer biochemischen Remission bei Abwesenheit von erhöhten Entzündungsmarkern (Calprotektin) und Folgen wie einer Anämie.

Die Kombination einer Remission von Beschwerden und Entzündungs-bezogenen Organveränderungen wird auch als tiefe Remission bezeichnet. Diese wird als besonders erstrebenswert beim Morbus Crohn betrachtet, weil es dort eine transmurale, also die gesamte Darmwand durchdringende Entzündung gibt, die komplizierend zu Fisteln und Abszessen führen kann. Auch aus diesem Grunde kann neben der Beschwerdebesserung die tatsächliche Abheilung der Entzündung zu einem wichtigen Therapieziel werden, endoskopisch sichtbar als mukosale, die Schleimhaut betreffende, Heilung.

Die Wahl der richtigen Therapie und des entsprechenden Medikaments bei CED hängt von vielen Faktoren ab. Dabei muss das einzelne Krankheitsbild, die Krankheitsaktivität, der Krankheitsverlauf (z. B. akuter Schub, Remission), die Vortherapie, Unverträglichkeiten, aber vor allem auch die einzelnen Therapieziele des Patienten berücksichtigt werden. Das Ziel einer jeden Behandlung ist daher eine wirksame, nebenwirkungsarme und individuelle Therapie durchzuführen. Bei der gemeinsamen Definition der Behandlungsziele sollte auch festgelegt werden, wann und wie die Zielerreichung kontrolliert und die Behandlung gegebenenfalls angepasst wird. Dieses sorgfältig planende und kontrollierende Behandlungskonzept ist Teil der im Englischen so bezeichneten „treat-to-target“ Strategie.

Es gibt verschiedene Einteilungen für die zur Behandlung der CED zugelassenen Medikamente. Praktischerweise unterschiedet man zwischen Medikamenten, die rasch oder langsam wirken, Medikamenten die das Immunsystem beeinflussen (Immunsuppressiva) und konventionellen und modernen Medikamenten (z.B. Biologica oder small molecules). Diese Medikamente haben alle eigenen Wirkmechanismen, aber auch Nebenwirklungen.

Zur der sogenannten konventionellen Gruppe gehören Kortikosteroide, 5-Aminosalicylate und Immunsuppressiva (Thiopurine, Methotrexat und Calcineurininhibitoren). Zu der neuen, „modernen“ Gruppe zählt man die monoklonalen Antikörper (Biologika), welche gegen die Signalmoleküle TNF-alpha, Interleukin 12/23 und gegen das Homing-Protein alpha4beta7-Integrin gerichtet sind. Moderne orale Therapien inhibieren bestimmte intrazelluläre Zellstrukturen, wie z.B. die Januskinase Inhibitoren (z.B. Tofacitinib).

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